A Budapesti Fegyház és Börtön építési munkálatait 1894-ben kezdték meg Wagner Gyula építész tervei alapján, akinek ugyancsak a nevéhez fűződnek a szombathelyi, szabadkai, szekszárdi, debreceni, máramarossztigeti, szatmári, gyulai, aradi, lugosi, szegedi és egri törvényszéki paloták és a hozzájuk tartozó börtönök is.

 Forrás: Intézeti archívA 800 fő befogadására alkalmas, 6,85 hektárnyi területen fekvő történelmi épületegyüttest  (mai nevén „A” objektum – 1108 Bp., Kozma u. 13.) 1896. október 27-én adták át  Királyi Országos Gyűjtőfogház  néven. Mellette elmebeteg-megfigyelő osztályt is felállítottak, amely utóbb - mint Igazságügyi Országos Megfigyelő és Elmegyógyító Intézet (mai nevén Igazságügyi Megfigyelő és Elmegyógyító Intézet) - önálló intézményként működött.

A történelmi épületegyüttes egyedi jellemzője a két teljesen azonos külső és belső elrendezésű, alaprajzában háromágú, egyenlő szárnyú csillagot formázó építészeti megoldás. Sokáig Európa legmodernebb börtönei között tartották számon, építése során a nyugat-európai és az észak-amerikai börtönépítészeti tapasztalatokat, illetve a kor számos technikai újítását is figyelembe vették. Az intézetben a kor fővárosi viszonyait messze meghaladva központi fűtés, villanyvilágítás (saját áramfejlesztő telepről), illetve két úszómedence is volt.

A panoptikus (csillag) rendszerben épített intézet eredeti rendeltetése a Budapesti és Pestvidéki Törvényszék által fogház, valamint öt évnél rövidebb tartamú fegyház- és börtönbüntetésre ítéltek befogadása volt, de alapításától 1918-ig, majd 1959-1963 között itt helyezték el a fiatalkorú elítélteket is.

A Budapesti Fegyház és Börtönnek alapítása óta speciális funkciója a bv. intézetek közötti fogvatartotti szállítások, mozgatások biztosítása, ebből ered köznyelvi elnevezése is. A „Gyűjtő” napjainkban is az országos körszállítások helyszínéül szolgál.

Forrás: Intézeti arhív

Az intézet már működése kezdetén három fokozatban  (fegyház, börtön, fogház) foganatosította a szabadságvesztés büntetés végrehajtását, a fő hangsúlyt az egyszemélyes elhelyezésre fektették. A fegyház és börtön körletek 600 magánzárkát, a fogház részleg (ún. Kisfogház) 68 magánzárkát és 156 közös zárkát foglalt magába.

Az intézet vezetését 1901-1919 között ellátó Vajna Károly dinamikus tevékenységének köszönhetően az intézet 1913-ra már 25 épületből állt, illetve létrejött egy elkülönített TBC osztály is, ahol az ország összes börtönéből beutalt tüdőbeteg elítélteket helyezték el.  1920-ig az intézmény falai között működött az ország első börtönmúzeuma (Országos Börtönügyi Múzeum), valamint az 1913-ban létesült Bűnügyi Embertani Laboratórium, ahol többek közt a kivégzett elítéltek koponyáját is tudományos kutatás alá vonták.

Forrás: Intézeti arhív

A két világháború közötti időszakban felduzzadt a politikai elítéltek száma, őket a jogerős ítélet kihirdetéséig - az eredetileg fogházas elítéltek elhelyezésére létrehozott, különálló épületben működtetett - ún. kisfogházba helyezték át. Akinek az ítélete két év alatt maradt, az a bal csillagba került, akié fölötte, azt a szegedi intézetbe szállították át. Számos politikai fogoly esetében a kisfogház udvarán került sor a halálos ítélet végrehajtására is. Az 1956-os forradalom és szabadságharc itt fogva tartott és kivégzett hőseinek emlékét napjainkban a Kozma utcai épület földszinti részén és udvarán kialakított Kisfogház Emlékhely őrzi.
Az intézet 1947-től 1951-ig Budapesti Országos Büntetőintézet, 1951-től 1972-ig Budapesti Országos Börtön, 1972-től 1978-ig Budapesti Fegyház és Szigorított Börtön néven működött. Jelenlegi nevét - Budapesti Fegyház és Börtön - 1978 óta viseli.
A történelmi épületegyüttes mellett fekvő „Palikert” elnevezésű területen 1989-ben adták át a paneltechnológiával épült másik elhelyezési körletet, a „B” objektumot (1108 Bp., Maglódi út 139.), mely további 746 elítélt elhelyezésére adott lehetőséget.

A jobb csillag körszállítási helyszínt biztosító két szárnya 2002-2005 között teljes körű felújításon esett át, így az európai elvárásoknak megfelelő körülmények között biztosított a hetente kb. 1200 fogvatartott mozgatásával járó büntetés-végrehajtási szakfeladat végrehajtása.

Az intézet mellett 1954 óta működik az elítéltek foglalkoztatására létrehozott vállalat, melynek jelenlegi neve „BUFA” Budapesti Faipari Termelő és Kereskedelmi Kft. Az állami tulajdonban álló gazdasági társaság – mely 1993 óta egyszemélyes Kft.-ként tevékenykedik – a Budapesti Fegyház és Börtönben elhelyezett fogvatartotti munkaerő hasznosításával faipari termékek gyártásával, tömörfa megmunkálással, lapszabászattal, valamint egyedi megrendelés alapján lakossági és közületi bútorgyártással, illetve egyéb bérmunkák végzésével foglalkozik.