Az első börtön céljára is szolgáló épület a vármegyeháza épülete volt, amit 1731-ben építettek, mivel a korabeli királyi rendelet úgy szólt, hogy minden megye építsen egy épületet, melyben a tömlöc és a levéltári anyagok is elhelyezést kapnak. A szabadságvesztés ekkoriban kezdett meghonosodni, de erre alkalmas épülettel az ország nem rendelkezett.
Baranya Megyében a XIX. század végéig a bűntettesek elhelyezését, elzárását a külvilágtól a vármegye háza pincéjében, embertelen körülmények között hajtották végre. A kivégzések helyszíne a Piac tér volt, ami a jelenlegi Széchenyi térnek felel meg, majd átkerült a helyszín a Vesztőhely dombra, ami a mai Zsolnay gyár és mauzóleum helyszíne.
1884. május 13-án került átadásra a történelmi belvárosban, az akkori megyeháza mellett, a Pécsi Királyi Ügyészség megbízásából, Körösztös Imre helyi vállalkozó által tervezett és kivitelezett háromszintes fogházépület. Az őrség 20 főből állt, az őrállomásokat az épület első emeletének központjában lévő nagy teremben helyezték el, ezen kívül a belső udvaron és az utcán is létesítettek őrhelyeket. A fogház 200 fogvatartott elhelyezésére volt alkalmas, a fogvatartottak lakóhelyén kívül létrehoztak ima és tantermet, valamint a lelkész és tanító részére egy külön szobát rendeztek be. A falakat vegyesen téglából, és kőből építették 63-95 cm szélességgel. A rabok két udvarrészen sétálhattak. Világításra légszeszt használtak, mindössze 9 lánggal, melyből 5 a folyosók és az őrtanya, 4 pedig az udvarok és az utcai rész világítását szolgálták. A zárkák felszereltségét egy nappal összecsukható vaságy, falhoz szögezett, a ruhák akasztására szolgáló deszkapolc, és padlóhoz erősített asztal és pad alkotta.
Már ebben az időszakban nagy hangsúlyt fektettek a fogvatartottak erkölcsi és szellemi fejlődésére, így szoros kapcsolat alakult ki az intézet és más társadalmi szervezetek között. A munkáltatást négy munkateremben oldották meg. A meghonosodott munkanemek közül a legnagyobb sikert a kosárkötészet aratta, melynek eredményeként az elkészült tárgyakat külföldre is szállították. Sikeres volt még a cipész és asztalos szakma bevezetése is, mert az itt készült használati cikkekkel az intézet saját szükségleteit fedezte.
1891-ben Pécs, vele együtt a királyi fogház is vezetékes ivóvizet kap. A rendszer megépítője az a Zellerin Mátyás, aki Budapest vízvezeték rendszerét is építette. A kivitelezés nyomait a börtönépület ma is viseli a két szinten lévő falikút, falcsap alapján. 1895-ben pedig az elektromos áram lett bevezetve.
Az I. világháború a fogház életében a felújítási munkák elmaradását, romló kezelési tevékenységet, pénztelenséget eredményezett. A két világháború közti időszakban a börtönépület olyan leromlott állapotban volt, hogy Pécs szégyene jelzővel illették. Az akkor frissen kinevezett fogházvezető-ügyész Vitéz dr. Felszeghy János rögtön bele is kezdett a felújítási munkákba, ami 1926-ban elkészült.
1956 forradalmi hulláma, majd az azt követő megtorlás nem kerülte el az intézetünket sem. A zsúfoltságot jellemezte, hogy a korábbi egyfős magánzárkák is 6 főre lettek berendezve, az ítélethozatalra többszázan vártak, amit a Népköztársaság megdöntésére irányuló szervezkedésben való tevékeny részvétel miatt szabhattak ki 2-8 év között (BHÖ 1.§.2.). A látogatások, beszélők az „ellenforradalmárok” esetében kizárt volt, a 00-ás, szigorúan titkos minősítés miatt. Naponta volt hippiselés a zárkákban a tiltott eszközök, és a tiltott kapcsolattartás nyomait keresve. A rendőrségi vizsgálati fogságból áthelyezettek közt számos embert halálra ítéltek. Az ítélet végrehajtója az országos ismeretségnek örvendő Bogár hóhér volt. Ekkor, a reggeli órákban elmaradt a nyitás is. A börtönudvaron volt felállítva a bitófa egy betonlyukba ágyazva.
A rendszerváltásig Pécs a női elítéltek szabadságvesztésével is foglalkozott, melyet a mai napig is őriz a felső szint elnevezése, „nőosztály” megnevezéssel. Köztük sok volt az analfabéta, így iskolai oktatás lett szervezve nekik, amit a nevelők mellett egy kinti pedagógus is vezetett. Foglalkoztatásként a részükre tollfosztás, kesztyűvarrás, divattáska készítés, bélyegválogatás, szőnyegszövés, kézimunkázás, varrás, valamint a mosodai és a konyhai munkákat is a női elítéltek végezték.
1986-ban készült el a jelenlegi házi műhelyt, munkatermeket magába foglaló épület.
A korábbi konyha, étkező elzárásos körletrész veszélyessé vált, ezért lebontásra került, az elitélt konyha áttelepült a főépület alagsorába. 1993-ban az épület tetőszerkezete és homlokzata is felújításra szorult, 1994-től az országos büntetés-végrehajtási informatikai rendszer részeként, intézetünkben is megtörtént az informatikai hálózat telepítése. 1995-ben a biztonsági rendszer korszerűsítésére került sor, az objektumvédelem már technikai eszközökkel is megvalósul.
1996-ban további bővítés vált szükségessé, a meglévő elitélt konyha, raktárak és az egészségügyi blokk elhelyezésére szolgáló épületszárny megépítésére kaptunk lehetőséget és anyagi támogatást. 1998. november 24-én került sor az objektum műszaki átadására. Az épületszárny – melynek összes nettó alapterülete 750 m² - a meglévő börtönépület északi tűzfalához csatlakozva, a meglévő oldalfolyosós közlekedő rendszer folytatásaként került beépítésre. Az építtetői igények kielégítésén túl alapvető építészeti cél volt az épületnek a környezetéhez való illesztése, tekintettel a megyei közgyűlési épületre. A beépítés keleti oldala egyrészt határolja a meglévő sétaudvart, másrészt lezárja és keresztezi a rózsakertet, illetve a közgyűlési épület falával határos. Az épület gazdasági kicsatlakozása a kiépített északi kapun történik, kikerülve ezzel a történelmi belvárost.
A háromszintes épület az itt folytatandó napi tevékenységekhez szükséges igényeket teljes körűen kielégíti. Az alagsorban található a 12 zuhanyzóállásos fürdőhelyiség, a megnövelt kapacitású melegvíztároló, a konyhai személyzet öltözői, a raktárhelyiségek és a biztonságos anyagmozgatást elősegítő teherlift.
Az első szinten az 500 adagos modern konyha kapott helyet.
 A tetőtérben üzemel a szakosított, korszerű ellátást biztosító egészségügyi blokk. A fogászati rendelés, a belgyógyászati és pszichiátriai rendelés egymástól elkülönítetten, korszerű rendelőkben történik. Ezen a szinten található továbbá a fogvatartottak neveléséhez hozzájáruló könyvtár, a személyi állomány számára kiépített kondicionáló terem is. A tetőtérben kialakítottunk egy állományi női öltöző helyiséget.